A história da Mata Atlântica tem seu início há 50
milhões de anos, quando o continente sul-americano já era uma massa terra de
isolada e suas formas de vida passaram a evoluir localmente, sem transtornos
geológicos adicionais. Ao longo desse tempo, no período Quaternário, a floresta
passou por períodos de fragmentações e expansões, em decorrências das inúmeras eras Glaciais que ocorreram durante esse
período. Nos períodos em que o planeta se encontrava com temperaturas mais
baixas, os refúgios eram centros em que a biodiversidade florestal evoluía de
forma isolada. Essa hipótese pode explicar a enorme diversidade desse bioma,
tal como seu alto grau de endemismo . É notável que exatamente o sul
da Bahia,
norte do Espírito Santo e litoral de Pernambuco são centros de endemismo na Mata
Atlântica e os registros de pólen demonstram que tais regiões eram
refúgios no final do Pleistoceno. Concomitante a relativa
estabilidade no nordeste brasileiro, havia uma instabilidade climática à
sudeste, embora isso parece não ter evitado endemismo de alguns táxons de
anfíbios amplamente distribuídos.
Essa instabilidade climática no sudeste e sul
do Brasil tinha como consequência o surgimento de outras fitas fisionomias que
não eram florestadas: estudos paleoclimáticos utilizando pólen demonstram que o sudeste e sul
passaram por inúmeros momentos em que as florestas eram substituídas por
formações abertas, como pradarias. Mais especificamente, a Mata de Araucária, chegou
a ocorrer até as latitudes em torno de 19º (muito ao norte do que ocorre
atualmente) durante as glaciações, sendo substituída pela floresta estacional
semidecidual há cerca de 10.000 anos, quando o clima voltou a
ficar mais quente.
A primeira leva de colonizadores humanos na região
da Mata Atlântica data de aproximadamente 8-10 mil anos atrás, como evidenciado
por achados arqueológicos em Lagoa Santa, Minas Gerais. Esses colonizadores já impactaram
o ambiente com atividades agricultoras itinerantes (atividades agrícolas em
sistemas agro florestais, baseado em queimada e derrubado, principalmente do
sub-bosque) após sua chegada, principalmente em regiões em que as queimadas
para o cultivo eram mais frequentes, ocorrendo savanização. Existe a hipótese
de que os pampas surgiram decorrentes das intensas
queimadas provocadas por povos indígenas, já que vestígios mostram que a região
era florestada há cerca de 5 mil anos. É provável que toda a mata da
baixada litorânea tivesse sido, pelo menos uma vez, modificada para o cultivo
pelos tupis.
É interessante que uma das fitas fisionomias mais conhecidas, a Mata de Araucária atual, pode ter surgido
decorrente do manejo feito por agricultores itinerantes da Araucária. Também, a agricultura
itinerante é praticada até hoje por vários grupos caiçaras e quilombolas do
litoral do Rio de Janeiro e São Paulo.
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